轴流泵的运行包括充水、启动、运行和停止，轴流泵与离心泵相比较，两者在结构上有不同之处，轴流泵有其特殊的地方。
1.充水
中、小型轴流泵特别是卧式轴流泵或小型立式轴流泵，大多是安装在高于水面的位置，所以，它在启动前，泵壳和吸入喇叭口必须先充满水。同样，在有空气存在的情况下，泵内和吸入管就无法形成真空。这种情况下，一般都另设一台到几台电动真空泵，利用它们将泵壳和吸入喇叭口内的空气抽出，形成真空，进而达到充水的目的。
大型立式轴流泵，一般都安装在低于水面的位置，所以泵壳、叶轮和吸入喇叭口均浸没在液体中，无需在起动前专门对它先充满水，因此，不设抽气装置，便能迅速启动，这也是轴流泵的特点之一，对于实现自动程序启动是个有利的条件。
2.启动
轴流泵的起动操作顺序和方法基本上与离心泵的相同。但是，需指出的是，各种类型的离心泵的启动，它的出口阀门均是关闭的，而轴流泵的出口阀门则应是开启启动的，这是因为，轴流泵在流量等于零时，其功率大于额定功率的2倍或2倍以上;同时，也将加剧汽蚀的产生，这是由于液流入口角相对叶片的偏离角增大，引起脱流现象，只有在大于最高效率点的60%以上时这种现象才能消失。
3.停止
轴流泵的停止操作也和离心泵的停止操作基本相同。
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